В наше время в стенах монастыря часто проходят выставки по истории православия в Польше, недавно прошла выставка старообрядческих меднолитых и писанных икон, хранящихся в музее и поступивших из частной коллекции.

Супрасльский Благовещенский монастырь был основан в 1498 г. воеводой новогрудским и маршалом Великого Княжества Литовского Александром Ходкевичем в своей резиденции в Грудке. В новосозданную обитель прибыло большое количество монахов из киевских монастырей.

В 1500 г. братия переселилась из Грудок на берег реки Супраслянки. Как повествует легенда, братия опустили крест с частицей Животворящего Креста Господня в реку. Крест пристал к берегу у урочища Сухой Хруд.

Этим было положено начало Супрасльской обители. Первым храмом, построенным в 1500 году, была деревянная церковь Св. ап. Иоанна Богослова, небесного покровителя отца Александра Ходкевича Ивана, погибшего в турецком плену. Недалеко от храма был выстроен монастырский корпус.

С 1503 по 1511 гг. был построен каменный собор Благовещения Пресвятой Богородицы. Здание храма сочетало в себе византийский и готический архитектурные стили. Новый храм был освящен митрополитом Иосифом, который привёз с собой для новосозданной церкви список чудотворной иконы Божией Материи Смоленской. Привезенная им икона в последствии получила название Супрасльской (до настоящего времени не сохранилась). В Благовещенском соборе находились два придела - св. Феодосия Печерского и свв. Бориса и Глеба. Третий храм - Воскресения Христова – построен в период расцвета монастыря, а именно в середине XVI века. Приблизительно в это же время, в 1557 г., мастера-иконописцы во главе с сербом Нектарием расписали соборный храм Благовещения замечательными фресками, выполненными в традиции балканской школы. Враждебное католическое окружение сказалось на общем виде монастыря, который более походил на крепость.

Во второй полвине XVI в. Супрасльский монастырь становится одним из центров славянской культуры. Он поддерживал контакты с другими центрами монашеской жизни на Афоне, в Киеве, Слуцке, Москве, в Сербии и Болгарии. Постепенно в монастыре была собрана большая библиотека. В 1557 г. в монастырской библиотеке было около 209 рукописей и печатаных книг, а в 1645 г. их число достигло 587. Среди них находились: Минея, называемая Супрасльским кодексом (XI в.), Царственник с летописцем и Временник с летописцем, «Космография» Козмы Индикоплова.

Супрасльские монахи интересовались русской историей. Оригиналы рукописей получалиcь ими не только из других монастырей, но и от частных лиц. Одним из жертвователей была вдова Александра Ягелончика княгиня Елена. В монастыре находилась «Летопись Авраамки», в которой описана история Великого княжества Литовского. Сознание культурно-исторического единства с восточно - славянскими народами находило различные проявления, одним из которых была популяризация жизнеописаний русских святых. В 1593 г. Иван Проскура написал в Супрасле житие св. Сергия Радонежского. В собраниях библиотеки хранились жизнеописания св. мчч. Виленских Антония, Иоанна и Евстафия.

Дьякон Матфей из города Корца был создателем «Кодекса» 1569 г., в котором содержались жития святых Феодора Ярославского, Варлаама Хутынского и митрополита Московского Петра. Супрасльские монахи собирали рукописи из различных источников, систематизировали, а потом распространяли новые редакции. В библиотеке находились памятники болгарской средневековой литературы, связанные с деятельностью свв. Кирила и Мефодия. Здесь находились также похвальные слова в честь св. Климента Охридского, жизнеописание св. Савы Сербского, а также проповеди и письма митрополита Григория Цамблака.

Со времени наместничества архимандрита Сергия (Кинбара) Супральский монастырь стал носить название лавры, и его настоятели на митрополичьих соборах подписывались вслед за архимандритами Киево - Печерского монастыря.

Братия монастыря несла нелегкий крест защиты чистоты Православия на территории Польского государства. В стенах монастыря было создано и переписано не одно полемическое сочинение. Среди наиболее известных произведений XVI можно назвать: «Послание к венгерскому королю Иоанну Заполии от монахов Святой Горы Афон», «Послание к латиникам», «Разговор христианина с иудеем о вере и иконах», «На богомерзскую, на поганую латину, которую папежи, что в них, вымыслили в их поганой вере». На землях Великого княжества Литовского было широко известно сочинение «Списание против люторов», написанное в 1570 г. супрасльским монахом Евстохием.

Одним из известнейших настоятелей Супрасльского монастыря был архимандрит Илларион (Масальский), активно боровшийся с насаждением Брестской унии. Видя стойкость архимандрита Иллариона, митрополит Михаил (Рагоза) лично прибыл в монастырь и склонял монахов к принятию Брестской унии, но братия осталась верной Святому православию. После кончины митр. Михаила в 1598 г., новый униатский митрополит Ипатий (Потей), прибыв в Супрасльский монастырь объявил братии о переходе обители в унию. Монахи воспротивились этому решению и, объявив митрополита Ипатия еретиком, отказались ему подчиняться. Вскоре архимандрит Илларион за непослушание епископу был вызван на церковный суд, а 19 января 1602 г. окружной грамотой короля Сигизмунда он был отстранен от управления монастырем. Новые обстоятельства заставили арх. Илариона оставить монастырь. Целых четыре года пришлось странствовать арх. Иллариону, пока после ходатайства Иеронима Ходкевича король отменил свой указ, и он смог вернуться в родную обитель.

В 1609 г., по смерти архимандрит Илариона, новым настоятелем монастыря становиться архимандрит Герасим, который еще в 1603 г. сложил с себя присягу униатскому митрополиту. При архимандрите Герасиме в монастыре сохраняется древлеправославная традиция, но следующий наместник, архимандрит Самуил (Сеченко), предал древлецерковное благочестие и  согласился пойти на уступки униатам. В 1631 г. монастырь перешел в подчинение униатскому митрополиту.

Переход монастыря в унию не мог не отразится на его духовной жизни. В Благовещенском соборе в это время появляется иконостас в стиле барокко, сделанный гданьским резчиком Андреем Модзелевским. Во второй половине XVIII века сильно изменилось все внутреннее убранство храма. Фрески XVI века были закрашены белой краской.