В 1899 г. священноинок Михаил закончил академию, в 1900-1901 гг. преподавал в Воронежской духовной семинарии. В 1902 г.  защитил диссертацию и был переведен в Санкт-Петербургскую духовную академию приват-доцентом по кафедре церковного права. В 1903 г. был возведен в сан архимандрита и получил звание профессора Санкт-Петербургской духовной академии. Активно сотрудничал в журнале "Русский паломник".

Выступив против антиканонических начал в управлении господствующей церкви, он был сослан в Задонский монастырь. Заинтересовавшись старообрядчеством еще в студенческие годы, в августе 1907 г.,  послал в редакцию журнала "Старообрядец" статью, содержание которой свидетельствует о его полном признании истины старообрядческой Церкви. 23 (по другим данным 20) октября 1907 г. еп.Иннокентий Нижегородский присоединил архимандрита Михаила в сущем сане к старообрядческой Церкви, а на следующий год хиротонисал его во епископы на канадскую кафедру. За это единоличное рукоположение Освященный собор на некоторое время запретил в священнодействии еп. Иннокентия, но саму хиротонию собор признал.

Постановлением Освященного собора от 27 августа 1909 г. еп Михаил был определен "в ведение архиепископа Иоанна с тем, чтобы в течение трехмесячного срока, под его наблюдением, чрез определенного им священника, он, епископ Михаил, изучал священнослужение и обычаи святоцерковные (Двукр. Соб. 17-е прав.). По изучении сего епископ Михаил должен отправиться в епархию, в которую рукоположен. Если же не пойдет, то на основании 36 прав. святых апостол будет воспрещено ему всякое священнослужение". Поскольку еп. Михаил не смог исполнить этого, он постановлением Освященного собора от 31 августа 1910 г. был подвергнут запрещению в священнослужении; перед смертью это запрещение было с него снято.

Сам еп. Михаил в 1910 г. писал о причине своего присоединения: "Я уважаю и люблю старообрядчество за то, что оно кровью купило себе свободу от рабства государству, от порабощения свободы церковной воле папы, Никона или заступившей его папской иерархии. Я уверен был по его духу (и сейчас уверен), что в нем, обагренном реками крови, пролитой за свободу мысли и убеждения, возможнее, чем где-нибудь, свободное раскрытие правды Божией о земле и небе". Ученый богослов с фундаментальными знаниями и недюжинным литературным талантом, он посвящает всего себя распространению евангельского учения Христа и защите Его Церкви. Он сотрудничал в еженедельном журнале "Церковь",  в журналах "Старообрядческая мысль", "Старая Русь", издавал брошюры и книги; сегодня трудно даже приблизительно оценить количество написанного еп. Михаилом, но все им написанное до сих пор не утратило насущности и свежести. Единомышленники называли его "апостолом 20 века", враги угрожали расправой.