В сентябре 1856 г. Афанасий Прокофьевич начал читать лекции по русской истории в Казанской духовной академии. 17 сентября 1860 г. он избирается профессором кафедры русской истории в Казанском университете. 16 апреля 1861 г. Щапов выступил на панихиде по крестьянам села Бездна Спасского уезда Казанской губернии, убитым во время крестьянских волнений: «Други, за народ убитые! Земля, которую вы возделывали, плодами которой питали нас, которую теперь желали приобрести в собственность и которая приняла вас мучениками в свои недра, — эта земля воззовет народ к восстанию и свободе… Да здравствует демократическая конституция!» - заявил он в своей речи. 30 апреля 1861 г. по личному распоряжению Александра II за эту речь Щапов был арестован.

В мае 1861 года, будучи под следствием, Щапов обратился к Александру II с двумя объёмными посланиями, содержащими программу общероссийских реформ, в которой предложил создать региональные органы власти - областные земские советы. В августе 1861 г. был освобождён из-под следствия, лишён кафедры и приговорён к двухнедельному аресту. Синод приговорил его к ссылке в Соловецкий монастырь, однако объяснительная записка Щапова своей прямотой понравилась министру внутренних дел Валуеву, который взял его на поруки. Приговор был отменен, а Щапов получил назначение на службу чиновником в Министерство внутренних дел и возможность работать с архивными документами по делам раскола. Однако чиновничья работа не была близка Щапову, и он оставил службу для занятий литературной деятельностью. Статьи Щапова печатались в столичных журналах «Отечественные записки», «Дело», «Век» и др.

С 1862 г. за Щаповым был установлен секретный надзор в связи с имевшимися сведениями о его связях с «лондонскими пропагандистами». В 1864 г. он был выслан «по неблагонадежности» на свою родину, в село Ангу, откуда переведён в Иркутск. Летом 1865 г. Щапов был арестован по делу «Общества Независимости Сибири», доставлен в Омскую тюрьму и освобождён от ответственности лишь 20 февраля 1868 г. Щапов состоял в правлении Сибирского отдела Императорского Русского Географического общества, участвовал в качестве этнографа в экспедициях в Туруханский край в 1866, в Верхоленский и Балаганский округа Иркутской губернии в 1874 г.

В Иркутске, в положении "невыездного" прошли последние годы его жизни. Здоровье его резко ухудшилось, он стал хромым, почти ослеп. Умер Щапов в страшной бедности от чахотки в 1876 г. и был похоронен на Знаменском кладбище Иркутска. Спустя 10 лет на его могиле поставили памятник, сооруженный на добровольные пожертвования горожан, при непосредственном участии городского головы В. П. Сукачева. На памятнике надпись: «Родина - писателю».

Труды Щапова разбросаны в разных периодических изданиях и только немногие изданы отдельно. Главные его работы: 1857 г. - О причинах происхождения и распространения раскола, известного по именем старообрядства, во второй половине XVII и в первой половине XVIII столетия ( Православный Собеседник ); 1858 г. - Русский раскол старообрядства, рассматриваемый в связи с внутренним состояние м русской церкви и гражданств. в XVII и первой половине XVIII века); 1860 г. - Русская церковь в Северном Поморье в XV - XVII веках (Православный Собеседник); 1861 г. Смесь христианства с язычеством и ересями в древнерусских народных сказаниях о мире (Православный Собеседник); Великорусские области и Смутное время (Отечественные Записки, № 10 и 11); Земство и раскол (Отечественные Записки, № 12); 1862 г. Состояние русского духовенства в XVIII столетии (Православный Собеседник); Земство (Век № 7 и 8); Земские соборы в XVII столетии. Собор 1642 г. (Век, № 11); Городские мирские сходы (Век № 12); Сельский мир и мирские сходы (Век, № 13 и 14); Земский собор 1648 - 49 годов и собрание депутатов 1767 г. (Отечественные Записки, № 11); Сельская община (Век, № 1 - 6); Земство и раскол (XVII столетие ) ( выпуск . I, СПб., 1862); Земство и Раскол. Бегуны (Время, № 10 и 11); 1863 г. - Исторические очерки народного миросозерцания и суеверия (Журнал Министерства Народного Просвещения); 1864 г. - Этнограф. орган. русск. народ. (Библиотека для Чтения, № 1); Историко-географическое распределение русского народонаселения (Русское Слово , № 8 - 10); 1865 г. Историко-географическое распределение русского народонаселения (Русское Слово, № 6, 7, 8, 9); Историко-этнографическая организация русского народонаселения (Русское Слово, № 1, 2, 3); Общий взгляд на историю интеллектуального развития в России (Дело, 1866, № 2 и 3; 1868, № 8 и 9); Социально-педагогические условия умственного развития русского народа (СПб., 1869 - 1870); Естественно-психологические условия умственного и социального развития русского народа (Отечественные Записки, 1870, № 3, 4 и 12); Влияние общественного миросозерцания на социальное положение женщин в России (Дело, 1871, № 7 и 8); Историко-географические и этнографические заметки о сибирском населении ( Известия Восточно-Сибирского Отделения Русского Географического Общества, 1872, № 3); Историко-географические заметки о Сибири (ibid., 1873, № 2); Сибирское общество до Сперанского (ibid., 1873, тома 4 и 5); Сельская оседло-инородческая и русско-крестьянская община в Кубинско-Ленском краю (ibid., 1875, № 3, 5 - 6); Социальные потребности Сибири накануне реформ (Сибирь, 1876, № 3 и 4) и много других.