Н.Ю. Бубнов является автором более 150 публикаций. Некоторые из них: Отчет об археографической экспедиции библиотеки АН СССР 1965 г. (Онежский и Каргопольский р-ны) // Материалы и сообщения по фондам отдела рукописной и редкой книги БАН СССР. - М.; Л., 1966. - С.199; Старообрядческая книга в России во второй половине XVII века. Источники, типы и эволюция. - СПб., 1995; Пергаменные рукописи библиотеки Академии Наук СССР: Описание рус. и славян. рукоп. XI-XVI веков / Сост.: Н. Ю. Бубнов, О. П. Лихачева, В. Ф. Покровская. - Л.: Наука. Ленингр. отд-ние, 1976. - 235 с. - Из содерж.: Евангелие апракос полный ("Сийское").- С. 78-82.; Описание Рукописного отдела БАН СССР / Сост. А.А. Амосов, Л.Б. Белова, М.В. Кукушкина. - Л., 1989. Т. 3, вып. 3: Исторические сборники XVIII-XIX в.; Сочинения писателей-старообрядцев XVII в. Описание Рукописного отдела БАН СССР. - Л., 1984. Т.7, вып.1; Сочинения писателей-старообрядцев второй половины XVIII в. Описание Рукописного Библиотеки Российской Академии наук / Сост. Н.Ю. Бубнов. - СПб., 2001. Т.7, вып.2.; Бубнов Н.Ю., Подковырова В.Г. Лицевые рукописи старообрядческой традиции в фондах Библиотеки АН // Наука и техника: вопросы истории и теории. Тезисы XXIII годичной конференции СПб. отд-ния Российского национального комитета по истории и филисофии науки и техники (26-28 ноября 2002г.) Вып.18. - СПб., 2002. - С.57-59.